Pengupahan merupakan hal yang sangat penting dalam melakukan aktivitas suatu perusahaan. Sistem pengendalian intern diperlukan untuk menunjang keefektifan komponen-komponen sistem didalam organisasi suatu perusahaan. Upah merupakan sumber biaya yang cukup besar dan perhitungannya yang kompleks, dapat menimbulkan penyimpangan atau kecurangan apabila sistem pengupahan kurang diawasi dengan baik. Untuk mengurangi hal tersebut, diperlukan adanya pengendalian internal atas upah yang cukup memadai yang dilakukan oleh manajemen perusahaan. Sehubungan dengan hal tersebut penulis akan membahas mengenai : Peranan sistem pengendalian intern dalam menunjang efektivitas pembayaran upah karyawan. Penulis melakukan penelitian pada UD. Aneka Tani perusahaan yang bergerak dalam bidang pangan. Adapun tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui bagaimana Peranan sistem pengendalian intern yang ada diperusahaan terhadap pelaksanaan kegiatan kegiatan pembayaran upah karyawan. Untuk memperoleh data yang diinginkan, penulis menggunakan metode deskriptif analisis data kualitatif dengan pendekatan studi kasus , pengumpulan data yang dilakukan melalui penelitian lapangan yaitu : wawancara, observasi, dan melalui studi kepustakaan. Dari hasil penelitian penulis lakukan, ternyata UD. Aneka Tani telah menerapkan sistem pengendalian intern yang cukup memadai, hal ini terlihat dari kriteria-kriteria yang telah diterapkan yaitu terdiri dari : adanya tujuan masukan, keluaran dan penyimpanan data, instruksi, prosedur, dan pengawasan keuangan, sehingga dapat menunjang keefektivan pembayaran upah karyawan. Berdasarkan dari hasil penelitian dapat diambil kesimpulan sebagai berikut sistem pengendalian intern berfungsi sebagai pengontrol intern khususnya pada sektor pembayaran upah, saran yang penulis ajukan antara lain : seharusnya perusahaan lebih meningkatkan pengawasan terhadap keamanan terhadap keuangan perusahaan, khususnya pada sektor pemasukan dan pengeluaran kas perusahaan, utamanya adalah pengawasan dan pemisahan fungsi penerimaan dan penyimpanan kas perusahaan.