Bahasa pemrograman adalah sisi lain yang dimiliki oleh sistem operasi Linux, baik itu pemrograman script seperti Bash dan Perl, maupun pemrograman murni seperti C atau Fortran. Linux bebas dimanipulasi sesuai dengan keinginan dan kebutuhan. Bagaimana memanipulasi sistem ini? Di situlah bahasa pemrograman menjadi peran utama.